تأسست عام 1902 (كلية غوردون التذكارية سابقاً) وتغير اسمها إلى جامعة الخرطوم عام 1956. تُعد أقدم وأعرق المؤسسات الأكاديمية في السودان، وتضم مجمعات كليات متعددة تشمل الطب، الهندسة، العلوم، القانون، الآداب، والزراعة، إضافة إلى دور ومراكز الأبحاث المتقدمة.

تأسست عام 1932 (معهد الخرطوم الفني سابقاً) وتحولت إلى جامعة حكومية عام 1990. تُعد أضخم المؤسسات التكنولوجية والتطبيقية بالبلاد، وتضم كليات الهندسة، علوم الحاسوب، النفط والتعدين، الفنون الجميلة، والعلوم الطبية والصحية.

تأسست عام 1975 كجامعة حكومية إقليمية رائدة. ركزت منذ تأسيسها على نمط التعليم الموجه لتنمية المجتمع وتضم كليات الطب، العلوم الصحية التطبيقية، العلوم الزراعية، الهندسة والتكنولوجيا، والاقتصاد والتربية.

تأسست عام 1912 كجامعة حكومية وتطورت إلى جامعة متكاملة عام 1965. تضم كليات الشريعة والقانون، أصول الدين، اللغة العربية، وتوسعت لتشمل الطب، الهندسة، الإدارة، والعلوم الاجتماعية.

جامعة حكومية تأسست عام 1994 في ولاية نهر النيل. تقدم برامج أكاديمية متميزة في كليات الطب البشري، التمريض، العلوم المختبرية، الهندسة، القانون، التربية، والآداب.

تأسست عام 1995 وتعد من أبرز الجامعات الخاصة المعتمدة في السودان. تضم كليات طب الأسنان، الطب البشري، الصيدلة، المختبرات الطبية، الهندسة، وعلوم الحاسوب وتقنية المعلومات.

تأسست كجامعة حكومية عام 1993 (امتداداً لفرع جامعة القاهرة بالخرطوم الذي أنشئ عام 1955). تضم كليات الحقوق، التجارة للدراسات الاقتصادية والاجتماعية، العلوم والتكنولوجيا، والطب البشري.