تأسست عام 2003 بموجب مرسوم رئاسي جمع مختلف المعاهد العليا السابقة في مؤسسة جامعية واحدة. وتعد الجامعة الحكومية الرئيسية والوحيدة ذات الطابع الشامل في البلاد. تضم كليات الحقوق والاقتصاد، العلوم والتقنيات، الآداب والعلوم الإنسانية، كلية إمام الشافعي للدراسات الإسلامية، إضافة إلى فروع أكاديمية في جزيرتي أنجوان وموهيلي.

يُشكل الذراع الأكاديمي الطبي الرئيسي ضمن هيكلية جامعة جزر القمر. يختص بتدريب الأطر الطبية المساندة، علوم التمريض، القبالة، والعلوم الصحية العامة بالتعاون مع المستشفى الوطني المرجعي ووزارة الصحة القمرية.

كلية جامعية تابعة لجامعة جزر القمر متخصصة في تدريس الشريعة الإسلامية، أصول الدين، واللغة العربية والآداب. تعد المركز الأكاديمي الأساسي للتعليم العالي باللغة العربية في البلاد.

المعاهد التكنولوجية والفنية المدمجة ضمن الجامعات الوطنية، وتختص بإعداد وتأهيل الكوادر الفنية والمعلمين والدبلومات الجامعية التكنولوجية في مجالات الإدارة الفنية، التكنولوجيا المطبقة، والتربية.