المنهجية ومعايير التقييم يعتمد تصنيف شنغهاي على ستة مؤشرات رئيسية يتم دمجها في درجة نهائية (من 100) تُحدِّد موقع الجامعة ضمن أفضل 1000 جامعة عالميًا. من أبرز هذه المؤشرات:عدد خريجي وأعضاء هيئة التدريس الحاصلين على جوائز نوبل وميداليات فيلدز.عدد الباحثين شديدي الاستشهاد (Highly Cited Researchers) حسب قوائم Clarivate.عدد الأبحاث المنشورة في مجلتي Nature وScience.عدد الأبحاث المفهرسة في قواعد Web of Science (Science Citation Index Expanded وSocial Sciences Citation Index).الأداء الفردي للمؤسسة (Per Capita Performance) والذي يراعي حجم الجامعة وعدد منسوبيها عند حساب النقاط.يتم أولًا حساب أعلى درجة على مستوى العالم في كل مؤشر، ثم تُحتسب بقية الجامعات كنسبة مئوية من هذه الدرجة المرجعية، وبعدها تُطبق أوزان إحصائية محددة للوصول إلى النتيجة النهائية وترتيب الجامعات.